اعضای محترم هیأت امنای دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم عبارتند از:
1. حجت الاسلام و المسلمین دکتر سید مهدی خاموشی، رئیس سازمان اوقاف و امور خیریه کشور و رئیس هیأت امناء دانشگاه؛
2. آیت الله سید هاشم حسینی بوشهری، رئیس شورای عالی جامعه مدرسین حوزه علمیه و عضو هیأت امناء؛
3. آیت الله علیرضا اعرافی، رئیس حوزه‌های علمیه کشور و عضو هیأت امناء؛
4. آیت الله احمد عابدی، عضو هیأت امناء؛
5. دکتر سید مصطفی ملیحی، نماینده وزارت علوم، تحقیقات و فناوری؛
6. حجت الاسلام والمسلمین دکتر حسینی، عضو هیأت امناء؛
7. حجت الاسلام والمسلمین دکتر ابراهیمی، عضو هیأت امناء؛
8. جناب آقایان وحید نعیمی و مهدی خشکه‌باری، نمایندگان سازمان برنامه و بودجه کشور؛
9. حجت الاسلام و المسلمین سید محمد نقیب، رئیس دانشگاه و دبیر هیأت امناء.
